Výukové databáze

Výukové databáze medicínských obrazových dat

V každodenní praxi vyprodukují specializovaná lékařská pracoviště obrovské množství obrazových dat svých pacientů. Tato data vznikají na nejrůznějších lékařských modalitách (CT, MR, US, NM atd.) a ukládají se ve standardním DICOM formátu v rozsáhlých archivech - PACSech. Zde se dlouhodobě uchovávají pro potřeby klinické praxe lékařského zařízení v rámci lékařské péče. Tato obrazová data nejsou z důvodů ochrany osobních údajů běžně dostupná pro studijní účely studentů příslušných lékařských, případně jiných oborů.

ukázka databáze Řešením je vybudování specializované výukové databáze lékařských studií, jež bude obsahovat lékařská vyšetření vybraná a zpracovaná odborníky v příslušné lékařské oblasti. Studie jsou před uložením do databáze anonymizovány tak, aby nebylo možné odhalit identitu pacienta. Přitom je zajištěno, že pokud se do databáze doplňují studie z pozdějších vyšetření jednoho pacienta, jsou v databázi sloučeny pod jednu identitu téhož anonymního pacienta. Lze tak v časovém měřítku sledovat výsledky léčby pacienta. Navíc se jednotlivé studie doplňují strukturovaným popisem vyšetření (Structured Report podle standardu DICOM). Z důvodu vyhledávání v databázi je možné studie doplňovat klíčovými slovy z různých taxonomií (např. Dähnert, ICD-10).

odrážkaRozšiřování výukové databáze

Studie se před zařazením do výukové databáze upravuje, tak aby splňovala požadavky výuky. Autor výukové studie vhodnou obrazovou studii popisuje a přiřazuje jí klíčová slova usnadňující vyhledávání. Některé kroky probíhají automaticky, např. bezprostředně po uložení do databáze získává studie přístupová práva dle vkladatele. Jiné, jako jsou počáteční nastavení či úpravy pravidel přístupu skupin uživatelů, zajišťuje administrátor.

1. Příprava studií k zařazení do výukové databáze

  • výběr obrazových informací pacienta z příslušného zdroje (např. z nemocničního PACSu či modality) ve formátu DICOM,
  • kontrola, případně doplnění základních informací o pacientovi a vyšetření,
  • výběr relevantních částí obrazové studie (studii lze ponechat v původním rozsahu nebo vybrat pouze některé série či snímky).

2. Popis obrazových studií

  • Strukturovaný popis
    • vytváří se ve formátu Structured Report (SR) podle standardu DICOM,
    • vztahuje se k celé studii,
    • studie může obsahovat více strukturovaných popisů, např. cizojazyčné verze,
    • strukturovaný popis prochází třemi různými stavy (otevřený, kompletní, verifikovaný),
    • popisy studií se ukládají jako samostatné objekty,
    • vytváření popisů usnadňují šablony.
  • Popis ve snímku
    • vložení textu, šipek poukazujících na důležitou strukturu či objekt v konkrétním snímku,
    • měření vzdálenosti, úhlu, ploch a další měřicí nástroje.
  • Poznámka klíčového snímku
    • označení důležitých snímků,
    • vložení i rozsáhlejších komentářů k jednotlivým snímkům,
    • filtrování klíčových snímků,
    • ukládání poznámek jako samostatných objektů.

3. Doplnění klíčových slov:

  • je možné využívat libovolný počet taxonomií (Dähnert, ICD10 a další),
  • každou taxonomii lze průběžně rozšiřovat,
  • k obrazové studii lze přiřadit libovolný počet klíčových slov z různých taxonomií,
  • studie lze vyhledávat dle vhodné logické kombinace zadaných klíčových slov.

4. Anonymizace studie

  • automatický proces přiřazení anonymní identity pacientovi při odeslání studie do výukové databáze,
  • shodná anonymní identita při zaslání materiálu o tomtéž pacientovi z různých zdravotnických zařízení,
  • zachování maximální vypovídací hodnoty vkladu (rok narození, pohlaví, datum vyšetření).

5. Odeslání studie do výukové databáze

odrážkaPřístupová práva

  • bezprostředně po uložení studie do databáze se dle vkladatele studii automaticky přidělí přístupová práva (např. pro čtení, modifikaci, mazání),
  • práva jednotlivým uživatelům či skupinám nastavuje administrátor,
  • jméno autora včetně instituce se ukládá automaticky jako součást obrazové studie,
  • v databázi lze nastavit další atributy odpovídající stavu obrazové studie (bez formálních nedostatků, verifikovaná, s cizojazyčným překladem apod.) a studie podle nich např. zpřístupnit pro výuku.
 

Copyright © 2008-2009 Ústav výpočetní techniky Masarykovy univerzity | Kontakty | Webmaster | Mapa stránek